Genel Müdürlüğümüzün görev ve yetkileri, 10.07.2018 tarihli ve 30474 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren “Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında 1 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi” ile belirlenmiştir:
MADDE 358 – (1) Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğünün görev ve yetkileri şunlardır:
a) Sağlık alanında kullanılan bilişim sistemleri ve iletişim teknolojileri ile ilgili ülke çapında politika, strateji ve standartların belirlenmesi amacıyla çalışmalar yapmak,
b) Kişisel sağlık verileri ile ülke düzeyinde sağlık durumu ve sağlık hizmetlerine ilişkin veri ve bilgi akışını içeren her türden bilgi sistemleri ve projelerini yapmak ve yaptırmak,
c) Sağlık bilgi sistemleri ve teknolojileri alanında uluslararası gelişmeleri izlemek, ülke uygulamalarını ve tecrübelerini paylaşmak, gerektiğinde uluslararası kuruluşlarla işbirliği yapmak,
ç) Sağlık bilişimi ve teknolojisi alanında çalışacak kamu ve özel hukuk tüzel kişileri ile gerçek kişilerin uyacakları kuralları belirlemek, uygulamak, gerektiğinde bunların yazılım ve ürünlerinin uygunluğuna karar vermek ve müelliflerini yetkilendirmek,
d) Bakan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak.